要防止发酵罐排气过滤器被泡沫污染，首先要控制好培养基灭菌时的泡沫。由于小型发酵设备灭菌时相对于大型发酵罐蒸汽通量大，泡沫更容易发生，因此我们在灭菌前要适当多加一些消沫剂，灭菌时要严格控制蒸汽通入量。一般来说，灭菌初始时在确保蒸汽流通的前提下要尽量把蒸汽阀门开小一些，如果发现升温慢，再逐渐开大阀门，这样就可以避免产生大量泡沫。如果一开始就把蒸汽阀门开得很大，泡沫上来后就会措手不及，难以控制。这时应把所有进、排气阀门都关闭,然后在密切监视泡沫的同时缓慢打开排气阀门泄压，待表压降到接近于零后再重新缓慢通入蒸汽灭菌。
进口小型全自动发酵罐（http://www.fzferment.com/）一般带有排气过滤器，这一方面是为了防止带菌的气溶胶污染大气，另一方面可以预防感染噬菌体(因为活菌细胞排到大气中很容易招来噬菌体感染)。但是，这种排气过滤器容易被培养基的泡沫污染，影响发酵过程的通气率。有些人为此把排气过滤器拆除，其实是因噎废食，并不可取。
对于在发酵过程中产生的泡沫，要加强观察，特别是发酵前期和后期泡沫产生较快时，如果发现自动消沫装置不足以很快消除泡沫，就要手动加入消沫剂。即使没有排气过滤器，从保护发酵设备搅拌轴封和防止染菌方面考虑，也同样要在灭菌和发酵过程中防止泡沫顶罐。