从空调设计来看，整个层面可分为非净化区（包括生活区及设备间等）与净化区（包括病房与办公辅房等），净化区又分为病房负压区域与办公正压区域。通过设置办公正压区域，对病房负压区域形成一种包围，能有效阻止污染空气向外传播。空气隔离重要的是压差控制，通过合理的平面设计，在相邻的不同房间建立压差，能有效阻止气体从污染区流向半污染区。在工作区内，护士、医生办公室等区域是梯度的高层，而病室卫生间是梯度低层。
为保证排出室外的空气是安全的，要求负压排风系统应采用二级过滤（排风口设中效过滤器，排风机组内设高效过滤器）。负压病区的洁净不仅是医疗的需要，也是病区负压状态的维持的需要，故将病房区与工作区设置为十万级净化环境，这对排风系统是一种积极的保护措施。
负压病房区域的空调系统采用全新风方式，室内空气不再循环使用，经过滤后直接排至室外。四间负压病房及病人通道合用一台送风机组及排风机组。工作区合用一台送风机组及排风机组。考虑到负压的特性，空调系统采用以排风优先原则，各区域的送风机与排风机联动，当负压病房区域排风机因故障或其他原因停止运转时，相对应的送风机停止运转。排风机组内采用一用一备共两台风机，并有延时停机功能。负压病房采用顶送风下排风的气流组织方式，送风口位于床脚一侧上方，排风口位于床头的一侧下方，所形成的单向气体组织方式，保证医护人员在病房内进行诊疗时，始终处于洁净气流的上方，降低了感染的可能性。
