可加计扣除费用范围：浑水摸鱼、连混带蒙搞“扩围”
财税119号文件规定：可计入研发费用享受加计扣除的“人工费用”为直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘研发人员的劳务费用。显然，“人工费用”的范围不包括以下内容：企业为员工缴纳的补充养老保险、补充医疗保险；超过规定标准为员工缴纳的“五险一金”；商业保险，包括企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费。
同时，财税119号文件规定，可享受加计扣除的“折旧费用”为用于研发活动的仪器、设备的折旧费。因而企业的房屋建筑物类固定资产、交通运输类固定资产，即便是专属于研发机构使用的，其折旧费用也不能计入享受加计扣除政策。
但有些企业或明知故犯，或浑水摸鱼，或自以为是，或不懂装懂，或连混带蒙，对研发费用的核算内容进行“自我”“扩围”，加大加计扣除的研发费用基数。
不征税收入：相关费用与摊销税前扣除不配比
获得立项批准的科研项目，通常都能从各级政府部门拿到一定比例的财政性资金，作为项目的专项资助资金。如果该财政性资金符合“关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知（财税[2011]70号）”规定的条件，即可作为不征税收入。但根据税总97号公告的规定，该作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，不得计算加计扣除。
而有些企业对于“不征税收入”的政策执行得相当及时和“到位”，但对其形成的费用或资产不得加计扣除或摊销的规定，总想着能“神不知、鬼不觉”地扣除几笔费用、摊销几件资产。特别是以前年度作为不征税收入的财政性资金形成的资产，在本年或以后年度计提的折旧或摊销，因“工作失误”、因“人员变更”等各种原因，将其纳入加计扣除范围的作法，具有很强的隐蔽性，如果不建立台账管理并保证年度数据的延续性，则很难识别。
而根据国家税务总局“关于发布《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表(A类，2014年版)》的公告（国家税务总局公告2014年第63号）”的规定，如果企业放弃将取得的财政性资金作为不征税收入处理的话，其用于研发活动所形成的费用或无形资产，是可以计算加计扣除或摊销的。
资本化支出：分期摊销，加计扣除传歧义
按照企业所得税法实施条例及财税119号文件的规定，企业科研活动实际发生的费用，没有达到资本化条件的，在本年度企业所得税前一次性加计扣除50%；达到资本化条件的，在资产的使用期限内，分期于企业所得税前加计扣除50%。v
这种做法在道理上说得通，也看得明，但费用化研发费用的加计扣除在当期就能使企业获得税负降低的优惠，相当于政府提供了一笔无利率、无风险的贷款，可极大地提高企业开展研发活动的积极性；而资本化研发支出的加计扣除则需在一个较长的期间内摊销，企业实现税负降低的“获得感”明显不如前者。因而，很多企业总是想方设法找出各种理由实现研发支出费用化，以达到充分享受税收优惠政策、合理利用资金时间价值、尽量减轻营运资金压力的目的。而其动机就是上述规定传递出的歧义：国家鼓励研发支出全部费用化处理——但这显然不符合研发支出加计扣除税收优惠政策的设立初衷。
相较于现实经济生活的复杂性与多变性，法律、法规或规章制度总会存在一定的滞后性，而这又会成为“有心人”的“活动空间”。作为负责任的、一定程度上可代表行业形象的大企业，可在法律法规的框架下合理避税，但万不可抱侥幸心理打“擦边球”、踩“红线”，结果只能给企业带来巨大的风险隐患。
