1.核心自主知识产权问题。《高新技术企业认定管理办法》要求企业须在近3年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权。核心自主知识产权主要依靠专利来判断。专利分为发明、实用新型和外观专利。部分企业存在以下问题：
（1）个别制造企业取得的专利为实用新型或外观专利，无实质性产品制造工艺发明专利，高新技术含金量不高，无法长时间在一个行业或区域形成核心竞争力。
（2）企业专利取得多为外购。企业从高校购买产品专利，个别企业不经过消化吸收直接应用生产，基本没有研发过程。
（3）专利受让、受赠时间短。企业在当年购买专利，凭借前三年资料申报高新，难证明购买的专利属于“其主要产品（服务）的核心技术”；少数企业在取得专利之前有同类产品在生产，专利应用价值值得考虑。
2.企业人员问题。《高新技术企业认定管理办法》要求企业具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上。企业普遍存在以下问题：
（1）科技人员工作时间难确认。企业联合外地科研单位外聘科研人员时，难判断外聘人员能否符合到岗183天的时间要求。
（2）研发人员身份难确认。企业申报材料中有研发人员同时兼企业管理人员，此类人员是否参与研发活动或是否具备科研技能难判别。
（3）企业研发人员比例不准确。部分企业申报高新时，瞒报少报生产人员总数，以求研发人员比例达到标准。
（4）企业生产人员的范围不准确。企业申报时是否将未参加社会保险人员算作生产人员纳入高新计算基数，直接影响企业研发人员的比例是否符合要求。
3.产品销售与发票开具问题。《高新技术企业认定管理办法》要求企业高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的60%以上。部分企业存在以下问题：
（1）发票不开具高新产品名称，销售收入归集难。高新技术产品销售开票项目只写统称，仅在规格栏中注明代码，发票对应的销售收入难鉴别是否属高新产品。
（2）发票、销售明细账上货物名称难确定是否为高新产品。部分化工企业申报产品使用专用术名，企业发票、明细账使用通用名，难确定两者是否一致。
（3）产品贴其他企业商标。部分集团性企业，申请新办高新企业时产品商标使用集团企业产品商标，非本单位商标，难确认是否符合规定。
（4）企业总收入范围难确定。认定管理办法明确高新产品销售收入占总收入的60%。总收入范围是否包括其他业务收入、营业外收入在实际执行中认定存在分歧。
（5）销售收入数据不准确。部分企业申报资料中的高新产品销售收入与纳税人日常申报资料数据不一致，个别企业数据差异较大。
4.研发费用核算归集问题。《高新技术企业认定管理办法》要求企业的研究开发费用总额占销售收入总额的比例达到一定标准，并实行专账管理。部分企业存在以下问题：
（1）研发费用未单独分开核算和专账管理。大部分企业未在课目设置上单独设置研发费用，也未对研发项目进行相应的费用归集。
（2）研发费用的归集数据不准确。主要表现在研发人员的工资计算归集不准确，部分企业研发人员年平均工资低于生产工人工资，研发人员工资计算或人数可能有问题。
（3）研发与生产不能区分。部分企业未设置研发部门，企业投入的材料等直接领用到生产一线，投入产品生产。这些投入是否属研发投入无法鉴别。
（4）研发费用非企业归集。部分企业申请高新时，申报工作由专门部门负责，财务部门不参与，申报资料上的数据在财务部门无法核实。
